En este lugar las aguas del Río Bogotá se tornan negras. La cuenca recibe los desperdicios de casi 9 millones de personas.
En la cuenca media, el Río Bogotá presenta valores inferiores a 1.0 mg/l de concentración de oxígeno disuelto debido a la contribución del canal Torca y los ríos Salitre, Fucha y Tunjuelo, a su paso por la capital, siendo considerado a esta altura un río muerto.
La lentitud de su caudal y la gravedad de los vertimientos de una ciudad de alrededor de 8 millones de habitantes hace que llegue a sus condiciones mas críticas en esta cuenca.La causa fundamental del deterioro de la calidad de sus aguas la constituye los vertimientos de las aguas residuales domésticas de la capital, en la cuenca media, a través de los ríos urbanos y canales de aguas negras que desembocan en él.
Otro grave factor, según un informe de la Corporación Autónoma Regional de Cundinamarca (CAR) de 2006, es el hecho de que las 24 plantas de tratamiento de los 27 municipios de la cuenca alta y media remuevan solo el 40% de carga orgánica. Según el documento Conpes 3320, algunas de las razones para el mal funcionamiento de las plantas son el mal sistema de alcantarillado de los municipios y los vertimientos sin tratar de plantas de sacrificio animal y curtiembres.
Aunque estas plantas fueron construidas hace más de veinte años su funcionamiento siempre ha sido mediocre debido a la falta de conocimiento y recursos para manejarlas por parte de las administraciones municipales. Según el director de la CAR, Alfred Ignacio Ballesteros, a finales de este año, Facativá, Madrid, Mosquera, Zipaquirá y Chía tendrán Planta de Tratamiento de Aguas Residuales.